പിണറായി വിജയനും വി എസ് അച്യുതാനന്ദനും രണ്ടുദിശയില്‍ സഞ്ചരിച്ച കാലത്ത് സംശയമില്ലാതെ പിണറായിക്കൊപ്പമായിരുന്നു കോടിയേരി. പക്ഷേ, ഒരിക്കല്‍ പോലും വിഎസുമായി കലഹിച്ചില്ല. വിഎസും പിണറായി വിജയനും പോലും അച്ചടക്ക നടപടികള്‍ നേരിട്ടപ്പോള്‍ കോടിയേരിക്കെതിരേ ഒരിക്കലും പാര്‍ട്ടി നടപടികളും ഉണ്ടായില്ല.
1988ലെ ആലപ്പുഴ സമ്മേളനത്തില്‍ സംസ്ഥാന സമിതിയിലേക്ക്. അന്ന് സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി വി.എസ്. 2015ലെ ആലപ്പുഴ സമ്മേളനത്തില്‍ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി. അന്ന് വി എസ് ആലപ്പുഴ സംസ്ഥാന സമ്മേളനം ബഹിഷ്‌കരിച്ചെങ്കിലും സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തേക്ക് കോടിയേരിക്ക് പൂര്‍ണ പിന്തുണ. അതിനു മുന്‍പ് 2008ല്‍ കോടിയേരിയുടെ പേര് പോളിറ്റ് ബ്യൂറോയിലേക്കു നിര്‍ദേശിക്കപ്പെട്ടപ്പോള്‍ ഒരെതിര്‍പ്പുമില്ലാതെ വിഎസ് അംഗീകരിച്ചു. ഒരു പതിറ്റാണ്ടിനിടെ സംസ്ഥാന സിപിഐഎമ്മിലെ ആദ്യ സംഭവം.
മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന വിഎസുമായി ധനമന്ത്രി തോമസ് ഐസക് ഉള്‍പ്പെടെയുള്ളവര്‍ കലഹിച്ചപ്പോഴും ആഭ്യന്തരമന്ത്രി കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനുമായി ഒരിടര്‍ച്ചപോലും ഉണ്ടായില്ലെന്നതും ചരിത്രം. കലഹിക്കാന്‍ പോലും ഒരു സൗഹൃദത്തിന്റെ വഴി ഉണ്ടായിരുന്നു കോടിയേരിക്ക്. പിണറായി വിജയനെ പിന്‍തുടര്‍ന്നു കെഎസ്എഫിലൂടെ വന്നതു നാലുപേരാണ്. എം എ ബേബി, ജി സുധാകരന്‍, എ കെ ബാലന്‍, കോടിയേരി. ഇവരില്‍ എം എ ബേബി മാത്രമായിരുന്നു പ്രായം കൊണ്ടു ചെറുപ്പം. എന്നാല്‍ ഉന്നത പാര്‍ട്ടിപദവികളെല്ലാം ഇവരില്‍ ആദ്യം എത്തിയത് കോടിയേരിയിലാണ്.
അടിയന്തരാവസ്ഥയില്‍ ജയിലിലാകുമ്പോള്‍ 22 വയസ്സുമാത്രമായിരുന്നു കോടിയേരിക്ക്. പിണറായി വിജയന്‍, ഇമ്പിച്ചിബാവ, വി വി ദക്ഷണാമൂര്‍ത്തി, എം പി വീരേന്ദ്രകുമാര്‍, ബാഫക്കി തങ്ങള്‍ എന്നിവര്‍ക്കൊപ്പമായിരുന്നു 16 മാസം കണ്ണൂര്‍ ജയിലില്‍. സംഘടനാ പ്രവര്‍ത്തനത്തില്‍ മാത്രമല്ല ജനാധിപത്യത്തിലും കോടിയേരി സ്വന്തമായൊരു പ്രവര്‍ത്തന ശൈലി ഉണ്ടാക്കി.
23 വര്‍ഷം എംഎല്‍എ ആയിരുന്ന കോടിയേരി മണ്ഡലത്തില്‍ ചെലവഴിച്ചതിനേക്കാള്‍ സമയം നിയമസഭാ ലൈബ്രറിയില്‍ ചെലവഴിച്ചിട്ടുണ്ടാകുമെന്നാണ് കണക്ക്. ഓരോ നിയമസഭാ പ്രസംഗത്തിലും ഉണ്ടായിരുന്നു ആധികാരികതയും കൃത്യതയും മറുപക്ഷ ബഹുമാനവും. കുടുംബവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വിവാദങ്ങളുടെ കാലം കോടിയേരി അതിജീവിച്ചതും ദീര്‍ഘകാലമായുള്ള രാഷ്ട്രീയ സൗഹൃദങ്ങലുടെ കരുത്തിലാണ്.